Weniger Freude verursachte zu dieser Zeit die Säkularisation, also die „Verweltlichung" der Kirchlichen Besitzungen.  Ausgangspunkt waren die starke politische und wirtschaftliche Macht der Kirche und die großen Besitztümer der Kirchen und Klöster.  Diese wurden in Staatseigentum überführt. 300 Klöster waren davon in Bayern betroffen. Die kirchlichen Herrschaften, in unserem Raum etwa das Fürstbistum Salzburg, wurden ihrer weltlichen Macht entbunden, so kam etwa die Stadt Mühldorf erst zu Bayern!

Die Säkularisation und ihre Folgen bedeuteten einen tiefgreifenden Umbruch. (Eine Leseempfehlung: Das Klosterbuch des HDBG) Sie war verheerend für die Klöster und die Kirche, waren aber auch Grundlage für eine Emanzipation der Kirche vom Staat. Nach einer theologischen Neubesinnung wurden etwa bereits ab 1815 wieder Kloster neu begründet. Nachdem der Staat mit der Säkularisation den Kirchen die Existenz nahm, Die schuf er bald ein Instrument als Garantie der Unabhängigkeit der Kirchen: die der Kirchensteuer (externe Info ).

In der Zeit zwischen 1804 und 1810 führte die Säkularisation übrigens neben anderen Ursachen zu einer Wirtschaftskrise in Bayern. Zum einen fielen fast 8% der Bevölkerung direkt oder indirekt aus der "Entlohnung" der Kirchen, und der Ersatz durch den Saat war nicht gleichwertig, zum anderen brachte der Staat innerhalb kürzester Zeit Waren und Güter im Wert von Millionen auf den Markt, und brachte damit auch das produzierende Handwerk in Schwierigkeiten.